Stargate Atlantis situa-se logo após a equipe SG-1 ter encontrado um posto avançado na Antártida, contruído por uma raça conhecida como os 'antigos'. O Comando Stargate envia então uma equipe para investigar o posto e descobre a localização da mais grandiosa cidade criada pelos Antigos: Atlântida. Assim, como em Stargate SG-1, através do portal, a humanidade entra em contato com outras culturas, humanas ou alienígenas, amigáveis ou não.