Algo terrível está para contecer na cidade de Manhattan, criaturas estranhas aparecem nos becos da sombria metrópole. Criaturas que mais parecem animais, mas andam, falam e pensam como humanos. Algumas delas são comandadas por um ganacioso ninja chamado Destruidor, um ser com poderes sobre-humanos que tem como líder Krang, um mutante vindo da Dimensão X em sua máquina de destruição, o Tecnódromo. Eis que surge dos esgotos da cidade, quatro tartarugas, que foram terinadas nas artes marciais por Splinter, um mestre Nija transformado em ratopor Krang. São eles: Leonardo, Donatelo, Rafael e Michelangelo. A Tartarugas Ninja!