O Final Fantasy Crystal Chronicles, mantendo sua tradição de integração entre plataformas, traz o Echoes of Time, o primeiro título inter plataforma onde jogadores podem compartilhar seus jogos através do Nintendo DS ou do Wii. Echoes of Time conta sobre o rito de passagem de um garoto de 16 anos que deve enfrentar os perigos e sair sozinho de uma floresta infestada de monstros. Entretanto, ao voltar triunfante, fica sabendo que uma garota sua vila sofre de uma doença misteriosa e, para curá-la, deve explorar os segredos de uma civilização ancestral para decifrar a "doença dos cristais".