Os Pikmins são criaturas muito curiosas (metade animal, metade planta) que se encontram em um planeta estranho. Os Pikmins nascem na cebola. Quando eles estiverem germinando tireo-os da terra e eles seguirão você.
Os Pikmin podem realizar muitas funções. Assim como: transportar objetos, seguir você, se multiplicar e lutar. Existem três cores de Pikmin, cada um com habilidades especiais.

-Pikmins vermelhos: suportam altas temperaturas e possuem poderosos ataques.
-Pikmins azuis: eles adoram a água e podem respirar debaixo d'água.
-Pikmins amarelos: eles podem ser lançados a uma altura muito elevada e sabem usar as pedras.

Com o tempo os Pikmins crescem. Eles amadurecem dos próprios Pikmins Folha e depois brotam dos Pikmins Flor. Quanto mais amadurecem, mais rápido serão.

A HISTÓRIA

O Capitão Olimar ele se chocou em um Planeta desconhecido. Devido à existência de toxinas na atmosfera do Planeta, o sistema primário de supervivência do seu traje espacial só o protegerá durante 30 dias. Para voltar ao seu Planeta o Capitão Olimar deve colaborar com os Pikmins para encontrar as peças da sua nave espacial, que estão espalhadas por todo o Planeta, antes que acabe o seu tempo.

DIÁRIO DE BORDO DO CAPITÃO OLIMAR

Sou o Capitão Olimar, um conhecido viajante interestrelar da Hocatate, que é o meu Planeta. Utilizo minha nave, o Dolphin, para realizar transportes interplanetários de pequenas cargas e minerais de galáxias longinquas. É um trabalho importante e levo ele muito a sério.
Eu estava trabalhando muito, algo normal para mim, assim acabei decidindo tirar umas férias para descansar um pouco. Na noite anterior da minha partida minha esposa preparou minha sopa favorita. Essa sopa é muito famosa no meu Planeta. Ela é praparada com três cebolas grandes e bastante cenouras vermelhas, amarelas e azuis. Quando eu estava de barriga cheia desse delicioso jantar, resolvi ir dormir e pensei nas minhas maravilhosas férias que estavam me esperando no dia seguinte. No final, acabei caindo em um sono profundo e prazeroso.
A viagem começou bem. Sem um destino fixo na minha mente, eu me limitei a deixar que a minha nave Dolphin fizesse o seu trabalho através dos vastos domínios do espaço.
Apesar disso, fui invadido por uma sensação estranha...e então tive uma premonição que minha curta viagem se converteria rapidamente em uma aventura épica. Ativei o piloto-automático da nave e me levantei para preprar um chá. Justamente neste momento, uma forte sacudida desestabilizou a Dolphin. Durante algunas instantes, minha mente procurou encontrar uma explicação, mas não tive muito tempo para raciocinar. Levei um golpe muito forte contra o painel de controle e desmaiei. Quando recuperei a consciência descobri que a nave havia se chocado contra um Planeta estranho, um lugar que não conhecia nem o nome, nem o território. Agradeci que por todas essas turbulências eu ainda estivera vivo. Após uma breve inspeção me dei conta que a nave Dolphin tinha sofrido alguns danos durante a sua reentrada na atmosfera e que havia perdido várias peças. Provavelmente estariam espalhadas por todo o Planeta.
E se não bastasse, os sensores do meu traje espacial indicavam que a atmosfera do Planeta continha altos níveis de oxigênio, um elemento incrivelmente letal para os habitantes do meu Planeta. Por sorte, o sistema primário da minha supervivência do meu traje não havia sofrido nenhum dano, mas eu sabia que tinha energia suficiente para funcionar mais 30 dias. Se eu pudesse encontrar pelo menos o motor, poderia sobrevoar pela atmosfera do Planeta para procurar o resto das peças... Será que serei capaz de encontrar as peças faltantes da minha nave? Poderei voltar sã e salvo à minha casa junto à minha família?
Decidi registrar todas as minhas observações e experiências no meu diário até que eu pudesse abandonar este Planeta. Minhas esperanças estão depositadas em dois estranhos encontros que tive hoje e que parecem promissores. O primeiro tem sido o descobrimento de um objeto grande, similar às cebolas do meu Planeta. Mas, eram muito grandes e descansavam sobre três patas. O outro, era a aparição de uma forma de vida misteriosamente parecida às minúsculas cenouras do meu Planeta, chamadas "Pikpik". Decidi chamar essas pequenas criaturas de...Pikmin.