Os desafios nunca terminam para MegaMan, o herói do mundo cibernético! Em pleno ano de 200X, comandado pelo jovem Lan Hikari, ele enfrenta batalhas virtuais cada vez mais fantásticas dentro da internet. Logo depois da primeira fase do Grande Prêmio N-1, por exemplo, ele vai ter que encarar o pretensioso Chaudi e seu invencível NetNavi, ProtoMan. Mas para isso, Lan e MegaMan terão que aumentar o treinamento e aprender a lendária técnica do Programa Avançado. Enquanto isso, a dupla ainda vai ter que ficar de olho nos planos do Mundo Três e do temível Senhor Willy, que continua querendo dominar o mundo (real e virtual) e ainda surge com duas armas secretas: StoneMan e BlasterMan, os dois NetNavis Solo, que lutam sem precisar de nenhum operador! Será que MegaMan vai conseguir superar mais este obstáculo? Força Total!