Uma Guerra Santa, da mitologia antiga, onde os Deuses Atena e Hades lutaram um contra o outro enquanto defendiam a Terra durante um período de 200 anos. A história acontece na Europa do século 18, 243 anos antes do "Saint Seiya" (Os Cavaleiros do Zodíaco) original.
Três pequenas crianças, Tenma, Alone e Sasha compartilharam de uma infância dura, mas muito feliz. Tenma que é agressivo, mas de bom caráter, mudou-se para o Santuário para se tornar um Cavaleiro de Atena. É lá que ele se reencontra com Sasha, que é a irmã de Alone, e descobre que ela é a reencarnação da Deusa Atena. Alone, que é bom e gentil e adora pintar, foi escolhido para se reencarnar como o inimigo, o Imperador Hades.
Tenma se torna o Cavaleiro de Pégaso e trava uma batalha feroz com o seu melhor amigo Alone, o Imperador do Inferno. Tenma de Pégasus, o Imperador Hades e a Deusa Atena, através da virada de seus três destinos, se unem novamente e abrem uma nova saga de Saint Seiya!