Quando os agentes Mulder e Scully voltam da Antártica descobrem que ninguém acredita em sua história do vírus mortal, da espaçonave alienígena e da fuga que tiveram de empreender e que seus cargos no Arquivo X foram atribuídos aos agentes Jeffrey Spender e Diana Fowley. Apesar de serem forçados a trabalhar separados, os agentes continuam a investigar informações que passam pelo escritório do Arquivo X ou que chegam clandestinamente a seu conhecimento. Só quando Cassandra Spender retorna dizendo que os alienígenas estão prestes a colonizar a Terra que Mulder e Scully são chamados de volta ao Arquivo X. Depois disso, um artefato extraterrestre é encontrado na costa da África, um artefato que pode ser a chave para as próprias origens da vida na Terra, e que tem um efeito devastador sobre Mulder. Com o sucesso de Arquivo X: O Filme, novos fãs vem se juntar aos fãs habituais da série de TV e todos aguardam com ansiedade o início da 6ª Temporada de Arquivo X. E o primeiro episódio, adequadamente intitulado "O Princípio," obteve a maior audiência da temporada com mais de 20 milhões de espectadores. A nova temporada também trazia a nova locação de filmagem, pois a série mudou-se da chuvosa Vancouver, no Canadá para a ensolarada Los Angeles, Califórnia. Os fãs que temiam que a nova locação pudesse ser prejudicial para a atmosfera sombria de mistério e suspense que era a marca registrada da série não precisaram se preocupar. Eles logo descobriram que o supernatural é tão assustador sob a luz radiante do dia quanto em uma noite escura e chuvosa.