A nova temporada se inicia com uma frota de naves dos espectros a caminho da Terra para um ataque impiedoso. Será que a equipe conseguirá detê-los a tempo, ou será a vez dos espectros encontrarem um novo território para se alimentarem? E os povos tecnologicamente avançados se tornarão aliados da expedição Atlantis ou serão mais uma nova e perigosa ameaça?