O ano é 2105. Nova Manhattan tornou-se o centro da galáxia - um lugar onde seres humanos convivem com extraterrestres. Uma Super Arquitetura redefiniu o horizonte. Carros voam para cima e para baixo na Broadway. Leonardo, Raphael, Donatello, Michelangelo e o mestre Splinter foram acidentalmente puxados quase cem anos através de uma janela de tempo e se vêem em um mundo estranho e futurista.
Eles encontram Cody Jones, bisneto de April O´Neil e Casey Jones, um menino gênio e responsável pelo acidente da viagem no tempo. Mas eles também descobrirão novos perigos, novos vilões selvagens! Mesmo estando noventa e nove anos no futuro... Ainda são as tartarugas ninja!