Os irmãos Elric finalmente chegam até Rizenpool, sua vila natal. Enquanto passam um tempo na casa de Winry Rockbell para que ela e sua avó consertem as próteses mecânicas, Ed visita o túmulo de sua mãe e Al faz uma descoberta sobre si mesmo. Os dois visitam as cinzas de seu antigo lar e redescobrem a determinação que precisam para continuarem a sua jornada.
De volta a cidade Central, eles resolvem procurar pelas anotações deixadas por Dr. Marco na primeira seção da biblioteca do exército, mas infelizmente descobrem que ela foi destruída em um incêndio. Assim, os dois irmãos procuram uma nova forma de descobrir os segredos sobre a pedra filosofal. E acabam recebendo ajuda de Sciezka, a bibliotecária que tem uma memória de elefante capaz de reescrever o documento destruído. Depois de decodificar as anotações, Ed descobre o terrível segredo por trás da criação da pedra.
Em suas investigações, os irmãos encontram o quinto laboratório do exército, que supostamente abandonado, ainda conduz experimentos secretos. Lá dentro, Ed enfrenta o guerreiro número 48 enquanto Al fica com o insano número 66.