Edward e Alphonse Elric continuam em sua jornada para descobrir os segredos escondidos por trás da transmutação humana, da Pedra Filosofal e da existência de seres sem alma, os homúnculos. Com a descoberta do 5º Laboratório, a participação dos militares na criação da Pedra Filosofal e sua ligação com os homúnculos começam a se intensificar. Durante a investigação, um crime acontece na Cidade Central e o melhor amigo do Coronel Roy Mustang é morto. Enquanto isso, os irmãos Elric dão uma parada em Nash Valley, paraíso dos criadores de Auto Mail, e lá reencontram Izumi, sua professora de alquimia que tem um grande segredo escondido. Além disso, um novo homúnculo, Wrath, se une aos demais e dará mais trabalho para Ed e Al. Os dois irmãos ainda precisam deter Scar e o exército que querem destruir Lior para recriar a Pedra Filosofal.
Muita ação, mistério, aventura e uma nova gama de personagens neste terceiro Box de Fullmetal Alchemist, agora com muito mais episódios.